Pelaksanaan audit merupakan fasa utama dalam proses pengauditan di mana auditor menjalankan kerja lapangan untuk menilai keberkesanan kawalan dalaman, pematuhan dasar universiti, dan integriti rekod kewangan serta operasi. Fasa ini memastikan semua penemuan disokong bukti yang sah, tepat, dan boleh dipercayai.